Sau khi rời khỏi Quayaquyn, nguyên Hộ Quốc công San Martín còn lần lượt dừng lại một thời gian ngắn ở Peru và Chile. Sau khi vợ của ông qua đời không lâu, San Martín đem cả gia đình lên sống ở thủ đô Buenos Aires. Đầu năm 1824, ông cùng với con gái lên tàu sang Pháp và sống tiếp quảng đời còn lại ở đó. Ông thường sống tại Paris và Brussels, được tất cả những người biết về ông rất ngưỡng mộ.[18] Tuy nhiên trong thời gian này và sau đó, ông vẫn thường xuyên quan tâm và theo dõi sát sao tình hình châu Mỹ, kiên quyết phản đối hai nước Pháp và Đế quốc Anh can thiệp vào chủ quyền của Argentina.[19]

Vào ngày 17 tháng 8 năm 1850, sau khi rời khỏi Tổ quốc Argentina được 28 năm, José de San Martín đã qua đời tại thành phố Boulogne nằm trên bờ biển nước Pháp. Năm đó, ông đã 72 tuổi.[20]